Ngày 01/07/2025, Chính phủ ban hành Nghị định số 181/2025/NĐ-CP quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng nhất đối với việc áp dụng luật thuế GTGT mới, có hiệu lực ngay từ ngày ký (01/07/2025) và thay thế toàn bộ hệ thống nghị định hướng dẫn cũ (Nghị định 209/2013/NĐ-CP và các văn bản sửa đổi).

1. Phạm vi và đối tượng áp dụng

Nghị định hướng dẫn chi tiết các nội dung: người nộp thuế, đối tượng không chịu thuế, giá tính thuế, thời điểm xác định thuế, thuế suất, phương pháp khấu trừ/tính trực tiếp, khấu trừ thuế đầu vào và hoàn thuế GTGT.

Điểm đáng chú ý về người nộp thuế: nghị định làm rõ rằng nhà cung cấp nước ngoài kinh doanh thương mại điện tử/nền tảng số với khách hàng tại Việt Nam, cùng các tổ chức quản lý sàn giao dịch thương mại điện tử, nền tảng số có chức năng thanh toán, đều có trách nhiệm khấu trừ, kê khai và nộp thay nghĩa vụ thuế của các chủ thể kinh doanh trên nền tảng của mình (áp dụng theo Nghị định 117/2025/NĐ-CP).

2. Đối tượng không chịu thuế  làm rõ 26 nhóm của Luật

Nghị định cụ thể hóa từng nhóm hàng hóa, dịch vụ không chịu thuế tại Điều 5 Luật Thuế GTGT, trong đó có một số điểm kỹ thuật quan trọng:

Nông sản sơ chế thông thường được liệt kê cụ thể các công đoạn (làm sạch, phơi sấy, bóc vỏ, xay xát, cắt, ướp muối, đóng hộp kín khí, bảo quản lạnh...) để phân biệt với sản phẩm đã qua chế biến.

Dịch vụ tang lễ không chịu thuế chỉ khi do cơ sở có chức năng kinh doanh dịch vụ tang lễ cung cấp.

Sách chính trị, giáo khoa, giáo trình, sách khoa học - kỹ thuật, sách pháp luật được định nghĩa rõ ràng từng loại để tránh nhầm lẫn khi áp dụng.

Doanh nghiệp chỉ kinh doanh hàng hóa/dịch vụ không chịu thuế không được khấu trừ, không được hoàn thuế GTGT đầu vào, trừ trường hợp áp dụng thuế suất 0%.

3. Giá tính thuế nguyên tắc cho từng loại giao dịch

Nghị định dành hẳn Mục 1 Chương II (Điều 5-14) để quy định giá tính thuế chi tiết cho từng loại hình:

Hàng hóa, dịch vụ bán ra: giá bán chưa có thuế GTGT.

Hàng nhập khẩu: giá tính thuế nhập khẩu cộng thuế nhập khẩu và các loại thuế khác (nếu có).

Hàng khuyến mại: giá tính thuế bằng 0, trừ trường hợp giảm giá bán thông thường.

Kinh doanh bất động sản: giá bán trừ tiền sử dụng đất/tiền thuê đất nộp ngân sách (giá đất được trừ)  nghị định quy định chi tiết cách xác định giá đất được trừ theo từng hình thức giao đất, nhận chuyển nhượng, góp vốn.

Một số hoạt động đặc thù có công thức riêng: casino, trò chơi có thưởng, đặt cược, du lịch lữ hành trọn gói, dịch vụ cầm đồ, hoạt động in, dịch vụ viễn thông quốc tế, sản xuất điện của EVN...

4. Thuế suất hướng dẫn chi tiết 3 mức 0%, 5%, 10%

Thuế suất 0% áp dụng cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Nghị định liệt kê rất chi tiết các nhóm dịch vụ xuất khẩu được hưởng 0% (vận tải quốc tế, dịch vụ hàng không/hàng hải cung cấp tại khu vực cảng/sân bay quốc tế, xây dựng ở nước ngoài, sản phẩm nội dung số cung cấp cho bên nước ngoài...) và đặc biệt là các trường hợp không được áp dụng 0% dù có yếu tố xuất khẩu — như chuyển giao công nghệ ra nước ngoài, dịch vụ cấp tín dụng, tái bảo hiểm ra nước ngoài, dịch vụ cung cấp tại Việt Nam cho tổ chức nước ngoài (thi đấu thể thao, hội nghị, khách sạn, du lịch lữ hành...).

Thuế suất 5% áp dụng cho nhóm hàng thiết yếu: nước sạch, phân bón, thuốc bảo vệ thực vật, nông sản sơ chế, thiết bị y tế, thuốc chữa bệnh, sách, đồ chơi trẻ em, nhà ở xã hội... Nghị định định nghĩa rõ từng mặt hàng để tránh tranh cãi khi áp dụng (ví dụ: thiết bị y tế phải có giấy phép nhập khẩu hoặc giấy chứng nhận đăng ký lưu hành).

Thuế suất 10% áp dụng cho phần còn lại, bao gồm cả dịch vụ số xuyên biên giới qua thương mại điện tử.

5. Điều kiện áp dụng thuế suất 0%  hồ sơ chứng minh chặt chẽ

Điều 18 quy định rất cụ thể bộ hồ sơ cần có để hưởng thuế suất 0%: hợp đồng bán/gia công/ủy thác xuất khẩu, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, tờ khai hải quan. Đối với dịch vụ vận tải quốc tế, dịch vụ hàng không/hàng hải, còn yêu cầu thêm hợp đồng cung cấp dịch vụ với bên nước ngoài và chứng từ thanh toán tương ứng.

6. Phương pháp khấu trừ thuế và phương pháp trực tiếp

Phương pháp khấu trừ: bắt buộc áp dụng với cơ sở kinh doanh có doanh thu hằng năm từ 1 tỷ đồng trở lên (trừ hộ, cá nhân kinh doanh), hoặc tự nguyện đăng ký. Nghị định hướng dẫn cách xác định doanh thu làm căn cứ (dựa trên tờ khai thuế GTGT của 12 tháng/4 quý liền trước), thời gian ổn định phương pháp tính thuế là 2 năm liên tục.

Phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng: áp dụng riêng cho hoạt động mua, bán, chế tác vàng, bạc, đá quý.

Phương pháp trực tiếp trên doanh thu: áp dụng cho hộ, cá nhân kinh doanh và doanh nghiệp dưới ngưỡng 1 tỷ đồng, với tỷ lệ % theo ngành nghề (phân phối hàng hóa 1%, dịch vụ 5%, sản xuất/vận tải có gắn hàng hóa 3%, hoạt động khác 2%).

7. Khấu trừ thuế GTGT đầu vào phần quan trọng nhất với doanh nghiệp

Đây là nội dung được quy định chi tiết nhất trong nghị định (Chương III, từ Điều 23 đến Điều 28), với các điểm mấu chốt:

7.1. Điều kiện bắt buộc: hóa đơn hợp lệ + chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt

Điều 26 chính là căn cứ pháp lý cho ngưỡng 5 triệu đồng được nhắc đến rộng rãi trong thực tiễn kế toán: "Cơ sở kinh doanh phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ 05 triệu đồng trở lên đã bao gồm thuế giá trị gia tăng."

Đây là quy định cụ thể hóa cho Điều 14 Luật Thuế GTGT  luật chỉ nói chung chung "trừ một số trường hợp đặc thù theo quy định của Chính phủ", còn nghị định mới là văn bản xác định rõ con số 5 triệu đồng.

7.2. Các trường hợp thanh toán đặc thù vẫn được coi là hợp lệ

Nghị định liệt kê rất nhiều tình huống thực tế và điều kiện chứng từ tương ứng để vẫn được khấu trừ dù không chuyển khoản trực tiếp thông thường, ví dụ:

Thanh toán bù trừ công nợ (kể cả qua bên thứ ba)  cần biên bản đối chiếu, xác nhận giữa các bên.

Thanh toán bằng cổ phiếu, trái phiếu  cần hợp đồng mua bán bằng văn bản lập trước.

Mua hàng trả chậm, trả góp  được khấu trừ ngay cả khi chưa đến hạn thanh toán, nhưng phải điều chỉnh giảm nếu đến hạn mà vẫn không có chứng từ không dùng tiền mặt.

Hàng hóa nhập khẩu từng lần dưới 5 triệu đồng, hoặc là quà biếu/tặng/hàng mẫu không phải trả tiền không cần chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt.

Mua nhiều lần trong cùng một ngày từ một người bán, tổng giá trị từ 5 triệu đồng trở lên thì chỉ được khấu trừ nếu có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt — đây chính là quy định "chặn" hành vi chia nhỏ hóa đơn để né ngưỡng 5 triệu.

7.3. Các trường hợp không được khấu trừ

Nghị định quy định rõ một số tài sản/chi phí dù có hóa đơn hợp lệ vẫn không được khấu trừ thuế đầu vào, gồm: tài sản phục vụ sản xuất sản phẩm quốc phòng - an ninh; tài sản của tổ chức tín dụng, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, cơ sở khám chữa bệnh, cơ sở đào tạo; máy bay, du thuyền, tàu lượn dân dụng không phục vụ mục đích kinh doanh vận tải/du lịch; và phần giá trị ô tô chở người từ 9 chỗ trở xuống vượt quá 1,6 tỷ đồng.

8. Điều kiện khấu trừ đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

Điều 27 và 28 quy định rất chi tiết bộ hồ sơ cần có tùy từng phương thức xuất khẩu: hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, tờ khai hải quan. Đặc biệt, nghị định dự liệu rất nhiều tình huống thực tế phức tạp (bán qua sàn thương mại điện tử nước ngoài, ủy thác xuất khẩu, xuất khẩu tại chỗ, thanh toán bù trừ qua bên thứ ba, hàng hóa bị trả lại/tiêu hủy ở nước ngoài, đối tác nước ngoài mất khả năng thanh toán...) và hướng dẫn giấy tờ thay thế cho từng trường hợp.

9. Hoàn thuế GTGT

Các trường hợp được hoàn thuế theo nghị định:

Xuất khẩu: số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn theo tháng/quý; số hoàn không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu của kỳ hoàn thuế.

Đầu tư: dự án đầu tư trong giai đoạn xây dựng có số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên được hoàn thuế; dự án đã hoàn thành phải nộp hồ sơ hoàn thuế trong vòng 1 năm kể từ ngày phát sinh doanh thu.

Hàng hóa/dịch vụ chịu thuế suất 5%: số thuế đầu vào chưa khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sau 12 tháng/4 quý liên tục được hoàn thuế.

Giải thể, phá sản: hoàn số thuế nộp thừa hoặc chưa khấu trừ hết.

Các trường hợp khác: người nước ngoài mua hàng mang theo khi xuất cảnh (hoàn 85% số thuế, ngân hàng thương mại hưởng 15% phí đại lý), chương trình ODA/viện trợ nhân đạo, đối tượng ưu đãi ngoại giao, theo điều ước quốc tế.

10. Hiệu lực thi hành và điều khoản chuyển tiếp

Nghị định có hiệu lực từ 01/07/2025, thay thế Nghị định 209/2013/NĐ-CP và các nghị định sửa đổi liên quan (49/2022, và các quy định tại 91/2014, 12/2015, 100/2016, 146/2017).

Dự án đầu tư đã triển khai trước 01/07/2025 nhưng vẫn đang trong giai đoạn đầu tư thì áp dụng quy định hoàn thuế đầu tư mới tại Điều 30.

Quy định hoàn thuế cho hàng hóa/dịch vụ chịu thuế suất 5% chỉ áp dụng cho số thuế đầu vào phát sinh từ ngày nghị định có hiệu lực trở đi.

Tóm tắt nhanh 3 điều doanh nghiệp cần nhớ nhất

1. Ngưỡng 5 triệu đồng (Điều 26): mọi hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từ 5 triệu đồng trở lên (đã gồm VAT) phải thanh toán không dùng tiền mặt mới được khấu trừ - kể cả khi mua nhiều lần trong ngày từ cùng một nhà cung cấp mà tổng cộng đạt ngưỡng này.

2. Hồ sơ chứng minh chặt chẽ hơn cho thuế suất 0% khi xuất khẩu và cho việc khấu trừ trong các giao dịch thanh toán không chuẩn (bù trừ công nợ, trả chậm, thanh toán qua bên thứ ba...).

3. Ngưỡng hoàn thuế 300 triệu đồng áp dụng thống nhất cho xuất khẩu, đầu tư, và hàng hóa chịu thuế suất 5% có số thuế đầu vào tồn đọng.

Đây là các quy định doanh nghiệp và kế toán cần cập nhật ngay để tránh bị bác khấu trừ hoặc truy thu khi cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra.