Thông tư 89/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực từ ngày 01/07/2026, hướng dẫn chi tiết Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định số 252/2026/NĐ-CP. So với các quy định trước đây, Thông tư này mang đến nhiều thay đổi quan trọng trong cách thức quản lý thuế đối với doanh nghiệp. Dưới đây là những thay đổi chính mà doanh nghiệp cần nắm rõ.

Thay đổi 1: Áp dụng cơ chế phân loại doanh nghiệp theo mức độ rủi ro tuân thủ thuế

Trước đây: Việc quản lý, kiểm tra thuế chủ yếu áp dụng theo kế hoạch chung hoặc theo lựa chọn ngẫu nhiên/định kỳ, chưa có cơ chế phân nhóm doanh nghiệp một cách hệ thống theo mức độ tuân thủ.

Nay: Thông tư 89/2026/TT-BTC lần đầu tiên đưa ra cơ chế đánh giá và phân loại người nộp thuế dựa trên mức độ rủi ro, căn cứ vào các tiêu chí:

• Quy mô doanh nghiệp (doanh thu, vốn, lao động)
• Ngành nghề kinh doanh (bao gồm thương mại điện tử, kinh doanh số, hoạt động xuyên biên giới)
• Địa bàn hoạt động
• Lịch sử chấp hành pháp luật thuế

Doanh nghiệp được xếp vào 1 trong 4 nhóm: tuân thủ tốt (rủi ro thấp), tuân thủ trung bình, rủi ro cao, và không tuân thủ. Mỗi nhóm sẽ có cách quản lý khác nhau — nhóm tuân thủ tốt được ưu tiên, giảm thanh tra không cần thiết; nhóm rủi ro cao và không tuân thủ sẽ bị giám sát, kiểm tra chặt chẽ hơn.

Ý nghĩa của thay đổi: Đây là bước chuyển từ mô hình quản lý thuế "dàn trải" sang mô hình quản lý theo rủi ro, khuyến khích doanh nghiệp chủ động tuân thủ tốt để được hưởng lợi.

Thay đổi 2: Siết chặt và làm rõ nguyên tắc phân bổ thuế cho chi nhánh, cơ sở tại tỉnh khác

Trước đây: Việc phân bổ nghĩa vụ thuế cho các chi nhánh, cơ sở sản xuất ở tỉnh khác nơi đặt trụ sở chính còn có những điểm chưa thực sự rõ ràng, dễ gây lúng túng cho doanh nghiệp trong quá trình kê khai.

Nay: Thông tư quy định cụ thể, chi tiết hơn:

• Nguyên tắc chung: tổng số thuế phân bổ cho các địa phương không được vượt quá tổng số thuế phải nộp theo hồ sơ khai thuế.
• Đối với thuế GTGT: quy định rõ các trường hợp phải phân bổ (xây dựng, chuyển nhượng bất động sản ngoài tỉnh, cơ sở sản xuất phụ thuộc) kèm tỷ lệ phân bổ cụ thể.
• Đối với thuế TNDN: số thuế phải nộp của từng cơ sở được xác định theo tỷ lệ chi phí thực tế phát sinh tại từng nơi so với tổng chi phí doanh nghiệp.

Ý nghĩa của thay đổi: Doanh nghiệp có nhiều địa điểm kinh doanh cần rà soát lại cách hạch toán chi phí và quy trình kê khai để đảm bảo phân bổ đúng, tránh sai sót dẫn đến truy thu hoặc xử phạt.

Thay đổi 3: Bổ sung hướng dẫn xử lý khi hệ thống thuế điện tử gặp sự cố

Trước đây: Chưa có hướng dẫn thống nhất, rõ ràng cho trường hợp doanh nghiệp không thể nộp hồ sơ thuế đúng hạn do lỗi hệ thống điện tử, dễ dẫn đến tranh cãi về việc có bị coi là nộp chậm hay không.

Nay: Thông tư bổ sung quy định cụ thể:

• Nếu hệ thống gặp sự cố đúng vào ngày cuối cùng của thời hạn nộp hồ sơ, doanh nghiệp được nộp ngay sau khi hệ thống hoạt động trở lại và vẫn được coi là nộp đúng hạn.
• Nếu sự cố xảy ra sau giờ hành chính của ngày cuối cùng, doanh nghiệp thực hiện theo hướng dẫn của cơ quan thuế để tránh bị xử lý do chậm nộp.

Ý nghĩa của thay đổi: Giúp bảo vệ quyền lợi doanh nghiệp trước những rủi ro khách quan phát sinh từ hệ thống, tránh bị xử phạt oan do lỗi không thuộc về mình.

Tóm lại, doanh nghiệp cần chuẩn bị gì?

Trước những thay đổi trên, doanh nghiệp nên:

1. Chủ động rà soát mức độ tuân thủ thuế hiện tại của mình để có sự chuẩn bị phù hợp.
2. Rà soát và chuẩn hóa quy trình phân bổ thuế nếu có chi nhánh, cơ sở sản xuất tại nhiều tỉnh, thành.
3. Lưu trữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ và theo dõi sát thông báo từ hệ thống thuế điện tử.
4. Cập nhật kịp thời các quy định mới để tránh rủi ro và các khoản xử phạt không đáng có.

Những thay đổi tại Thông tư 89/2026/TT-BTC cho thấy xu hướng quản lý thuế ngày càng minh bạch, dựa trên dữ liệu và mức độ rủi ro. Đây vừa là thách thức, vừa là cơ hội để doanh nghiệp xây dựng nền tảng tuân thủ vững chắc hơn.

Kế toán KH đã cập nhật và đăng tải toàn văn Thông tư 89/2026/TT-BTC quý doanh nghiệp có thể xem chi tiết tại đây: